Probablemente haya alguna forma de hacer esto a través de MySQL, sin embargo, la forma fácil (y confiable) es usar el microtime de PHP. función, que devuelve la hora actual en milisegundos.
Algún código de ejemplo:
$sql = '...';
$msc = microtime(true);
mysql_query($sql);
$msc = microtime(true)-$msc;
echo $msc . ' s'; // in seconds
echo ($msc * 1000) . ' ms'; // in millseconds
