IN acepta una lista o parámetros para buscar, FIND_IN_SET acepta un parámetro de cadena que contiene una lista separada por comas:
SELECT 1 IN (1, 2, 3, 4)
SELECT FIND_IN_SET(1, '1,2,3,4')
Si intenta aplicar IN a una cadena separada por comas, la tratará como un único parámetro y la comparará como un todo:
SELECT 1 IN ('1,2,3,4')
Por supuesto, la cadena '1' no es igual a la cadena '1,2,3,4' por lo que la consulta anterior devuelve falso.