Puede modificar el main_menu.xml archivo (para mí en Ubuntu 12.04 esto estaba en /usr/share/mysql-workbench/data/ ). Después de modificarlo, deberá reiniciar MySQL Workbench.
Se verá así
<value type="object" struct-name="app.MenuItem" id="com.mysql.wb.menu.query.exec">
<link type="object" key="owner" struct-name="app.MenuItem">com.mysql.wb.menu.query</link>
<value type="string" key="caption">Execute (All or Selection)</value>
<value type="string" key="name">query.execute</value>
<value type="string" key="command">builtin:query.execute</value>
<value type="string" key="itemType">action</value>
<value type="string" key="shortcut">Modifier+E</value>
</value>
La penúltima línea (Modificador + E) fue editada por mí. Anteriormente decía "Modificador+Mayús+Retorno". Tenga en cuenta que esto NO es un alias (no puede tener ambos).
