Después de pasar de MySQL 5.0 a 5.5, descubrí que de repente tengo que habilitar LOCAL INFILE específicamente al crear la conexión en PHP.
Usando mysql:
mysql_connect(server,user,code,false,128); // 128 enables LOCAL INFILE
mysql_select_db(database);
Usando mysqli:
$conn = mysqli_init();
mysqli_options($conn, MYSQLI_OPT_LOCAL_INFILE, true);
mysqli_real_connect($conn,server,user,code,database);