Este "problema" solo está en InnoDB .
Es por diseño y tiene la intención de mejorar la concurrencia:otro subproceso puede usar un AUTO_INCREMENT sin tener que esperar los resultados de un UPSERT operación.
De los docs :
MyISAM no muestra este comportamiento, ya que es AUTO_INCREMENT algoritmo se implementa de manera diferente (debido a su capacidad limitada para admitir DML concurrentes ).
