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¿Cómo establecer character_set_database y collation_database en utf8 en my.ini?

Esto en realidad no es una configuración en my.cnf (o my.ini en este caso). mySQL obtiene esta configuración de la propia intercalación de la base de datos (cuando se creó). Para obtener esto en línea con la codificación utf8 que desea, haga esto:

ALTER DATABASE databasename CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci;

luego reinicie mysql (aunque no recuerdo si es necesario), seguido de:

SHOW VARIABLES;

Todo debería estar bien, ¡Espero que eso ayude!

nota al margen:creo que default-character-set está en desuso hoy en día (mySQL 5.5+) y parece hacer que el archivo de configuración se vuelva inquieto.