¿Cómo puedo asignar una fecha de Java a DATETIME en mysql (por defecto es TIMESTAMP) con anotaciones de Hibernate?

Usa la columnDefinition atributo de @Column anotación :

@Column(name = "startTime", columnDefinition="DATETIME")
@Temporal(TemporalType.TIMESTAMP)
private Date startTime;

Y por favor, haz que tus atributos sean privados.