Citando el Manual de referencia (Configuración del motor de almacenamiento ):
La opción del motor de almacenamiento predeterminado debe ser parte de la sección mysqld en my.cnf;
[mysqld]
default-storage-engine = innodb
También es posible que desee cambiar el motor de almacenamiento predeterminado solo para la sesión actual. Puede hacer esto configurando el storage_engine variables:
SET storage_engine=INNODB;
