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¿Cómo almacenar un valor porcentual?

Depende un poco de cómo planee usar el valor, pero normalmente es un decimal sería una buena opción para almacenar porcentajes. Y tenga en cuenta que puede almacenarlo como valor porcentual (10,01) o como fraccionario (0,1001). Eso afectaría el tamaño real y la precisión de la columna.

La elección entre almacenar como porcentaje o fracción depende de las necesidades de uso, pero sospecho que en la mayoría de las situaciones sería más sencillo almacenarlo como una fracción (p. ej., 0,10 para representar el 10 %) porque se puede usar directamente en la mayoría de los cálculos más fácilmente (no es necesario recordar dividir por 100).

Y como @ismaelga señala en los comentarios, un decimal es una buena opción para la precisión (particularmente bueno cuando se trata de cálculos monetarios).