Cambiando localhost a 127.0.0.1 resolvió mi problema usando MySQLdb :
db = MySQLdb.connect(
host = '127.0.0.1',
user = 'root',
passwd = '',
db = 'testdb',
port = 3000)
Usando 127.0.0.1 obliga al cliente a usar TCP/IP, para que el servidor que escucha el puerto TCP pueda detectarlo. Si host se especifica como localhost , se usará un socket o tubería Unix.