secuenciar la tabla sin la columna 'id'

Si no define una primaryKey luego sequelize usa id por defecto.

Si desea configurar el suyo propio, simplemente use primaryKey: true en su columna.

AcademyModule = sequelize.define('academy_module', {
    academy_id: {
        type: DataTypes.INTEGER,
        primaryKey: true
    },
    module_id: DataTypes.INTEGER,
    module_module_type_id: DataTypes.INTEGER,
    sort_number: DataTypes.INTEGER,
    requirements_id: DataTypes.INTEGER
}, {
    freezeTableName: true
});