Tuve el mismo problema cuando actualicé el servidor mysql de 5.5 a 5.7 en Debian 8 (jessie). En casos raros, probablemente suceda si actualiza directamente sin pasar por las secuencias de versiones. (Muchas personas hacen esto, pero tales actualizaciones no son compatibles oficialmente). En mi caso, funcionó bien cuando ejecuté el siguiente comando:
mysql_upgrade --force -uroot -p
Espero que esto te ayude
