MySql Inner Join con la cláusula WHERE

Sí, tiene usted razón. Ha colocado WHERE cláusula incorrecta. Solo puedes usar un WHERE cláusula en una sola consulta, así que intente AND para múltiples condiciones como esta:

 SELECT table1.f_id  FROM table1 
   INNER JOIN table2
     ON table2.f_id = table1.f_id
 WHERE table2.f_type = 'InProcess'
   AND f_com_id = '430'
   AND f_status = 'Submitted'