Podría ser magic_quotes_gpc . ¿Puedes verificar que esté apagado?
Esta es una forma de desactivarlo:http://php.net/ manual/es/security.magicquotes.disabling.php
Además, ¿estás usando declaraciones preparadas? PHP PDO/MySQLI se escapará automáticamente por usted. Depende del tipo de consultas que esté utilizando.
