Importar datos hexadecimales/binarios a mysql

Puede usar la parte SET de LOAD DATA INFILE, y no necesita las cosas de escape 0x:

1, 1, 123456FF
2, 1, aabbcc
3, 1, ddeeff

Y luego asigna la columna a una variable, y luego establece la columna en la versión UNHEXed de esa variable:

LOAD DATA INFILE 'file' INTO TABLE `table` (column1, column2, @var1)
SET column3 = UNHEX(@var1)