¿Cómo proteger el archivo de configuración de la base de datos en el proyecto?

Puede intentar poner las credenciales de su base de datos en un archivo separado con los permisos UNIX adecuados establecidos, por ejemplo, 644, y luego incluir este archivo encima de su secuencia de comandos.

El configuration.php el archivo se verá así:

<?php
define (DB_USER, "mysql_user");
define (DB_PASSWORD, "mysql_password");
define (DB_DATABASE, "database_name");
define (DB_HOST, "localhost");
?>

Tu script original se verá así:

require ("configuration.php");
public class DatabaseConnect
{
function __construct()
{
    mysql_connect(DB_HOST,DB_USER,DB_PASSWORD) or die('Could not connect to MySQL server.');
    mysql_select_db(DB_DATABASE);
}

}