Esa es una de esas "características" de MySQL en las que ignora silenciosamente su solicitud de hacer algo porque simplemente no está implementada:
De http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.5/en/create-index.html
"Una especificación index_col_name puede terminar con ASC o DESC. Estas palabras clave están permitidas para extensiones futuras para especificar el almacenamiento de valores de índice ascendentes o descendentes. Actualmente, se analizan pero se ignoran; los valores de índice siempre se almacenan en orden ascendente "
