La clase de carga de archivos de CodeIgniter hará esto por usted. La entrada en su guía de usuario explica lo mejor que pude, así que voy a señalarte allí.
Esencialmente, solo necesitaría modificar el controlador que tienen allí para incluir un poco donde coloca la URL del archivo en la base de datos, lo que puede lograr fácilmente usando $this->upload->data() y extrayendo [full_path] de la matriz resultante y luego enviarla a un modelo que maneja la entrada de la base de datos.
