Creo que la configuración clave que debe observar es key_buffer_size , myisam_max_sort_file_size y myisam_sort_buffer_size . key_buffer_size es una de las configuraciones más importantes en general para MyISAM, pero las otras dos pueden necesitar alguna explicación.
De http://dev.mysql.com/ doc/refman/5.0/en/servidor-sistema-variables.html :
myisam_max_sort_file_size
myisam_sort_buffer_size
Básicamente, si espera que sus índices sean más grandes que myisam_max_sort_file_size , es posible que desee modificarlo. Si no, el myisam_sort_buffer_size podría merecer algo de atención.
Tenga en cuenta que la creación de índices en una tabla MyISAM bloquea toda la tabla. Si está haciendo esto constantemente en tablas grandes, podría tener algunos problemas de rendimiento graves, sin importar cuántas configuraciones modifique.
