Si está utilizando un módulo de nodo como mysql , el segundo enfoque debería funcionar.
var query=select * from User where userid in (?);
var data=['a','b','c'];
var queryData=[data];
conn.query(query, queryData, function (err, results) {})
Según la documentación , "Las matrices se convierten en una lista, por ejemplo, ['a', 'b'] se convierte en 'a', 'b'". Así que este enfoque debería funcionar (lo he usado prácticamente).