Supongo que está utilizando un motor de almacenamiento que admite transacciones (por ejemplo, InnoDB) pero no llama a db.commit() después de ELIMINAR. El efecto de DELETE se descarta si no se confirma.
Consulte http:// mysql-python.sourceforge.net/FAQ.html#my-data-disappeared-or-won-t-go-away :
Consulte también esta pregunta SO similar:La consulta de actualización de Python MySQLdb falla
