Podría intentar ejecutar la consulta desde su cli local y redirigir la salida a un destino de archivo local;
mysql -user -pass -e"select cols from table where cols not null" > /tmp/output
Podría intentar ejecutar la consulta desde su cli local y redirigir la salida a un destino de archivo local;
mysql -user -pass -e"select cols from table where cols not null" > /tmp/output