Es posible agregar un servidor MySQL a SQL Server como un servidor vinculado.
Una vez que lo haya configurado, puede consultar usando OPENQUERY de esta manera:
SELECT t1.colA, t2.colB
FROM SQLdbName.dbo.tablename AS t1
INNER JOIN OPENQUERY(MySQLlinkedservername,
'SELECT colA, colB FROM tablename') AS t2
ON t1.colA = t2.colA