Depende de lo que sea más importante:la legibilidad o el rendimiento. Esperaría que una sola consulta y el llenado previo de matrices de PHP fueran más rápidos de ejecutar, ya que las conexiones a la base de datos son costosas, pero luego una consulta simple para cada sección es mucho más legible.
A menos que sepa (y no solo espere) que obtendrá una gran cantidad de tráfico, buscaría consultas separadas y luego me preocuparía por optimizar si parece que será un problema. En ese momento, habrá otras cosas que querrá hacer de todos modos, como crear una capa de acceso a datos y agregar algo de almacenamiento en caché.
