Parece que arroja eso cuando se excede el tiempo de espera. Hay una corrección de errores para que NO lo haga, así que si lo arreglaron, ahora lo hace.
connector-net-en.a4.pdf (Documentación MySQL)
MySQL Connector/NET no lanzó una excepción EndOfStreamException cuando se excedió net_write_timeout. (Error #53439)