En primer lugar, si el propósito de la consulta es solo verificar la sintaxis, ¡no la ejecute! ejecute la explicación, o agregue el límite 0, o ejecute contra una base de datos vacía.
En cuanto a la matanza, tienes que conectarte a la base de datos con privilegios de root y emita el comando KILL (pero necesita saber la identificación de la consulta). O puedes matar todo el hilo. Eche un vistazo a mysqli::kill
Editar:parece que no necesita privilegios de root, para ver las consultas de su usuario, use el comando SHOW PROCESSLIST
