Definitivamente elegiría un ORM, al menos si está trabajando en un gran proyecto, para el cual no desea usar mysqli_* o funciones/métodos PDO directamente -- Doctrine
siendo el más desarrollado/usado, hoy en día (Es el ORM predeterminado de Symfony Framework, y se puede integrar en Zend Framework con bastante facilidad) .
Acerca de E_DEPRECATED errores, sin embargo:PHP 5.3 es bastante joven, y muchas bibliotecas/software/proyectos aún no se han adaptado; probablemente tendrá muchos de ellos en los próximos meses :-(
