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¿Hay algún problema/cosas que deba saber al cambiar de MyISAM a InnoDB?

Sí, absolutamente, hay muchas cosas, debe probar su aplicación extremadamente a fondo:

  • Las transacciones pueden bloquearse y deben repetirse. Este es el caso (en algunas circunstancias) incluso con una transacción confirmada automáticamente que solo inserta una fila.
  • Es casi seguro que el uso del disco aumentará
  • La carga de E/S durante las escrituras seguramente aumentará
  • El comportamiento de la indexación cambiará porque InnoDB usa índices agrupados; esto puede ser un efecto beneficioso en algunos casos
  • Su estrategia de copia de seguridad se verá afectada. Considere esto cuidadosamente.

El proceso de migración en sí deberá planificarse cuidadosamente, ya que llevará mucho tiempo si tiene una gran cantidad de datos (durante ese tiempo, los datos serán de solo lectura o no estarán disponibles por completo, ¡compruébelo!)