Debe usar una subconsulta para agregar la tabla de tarifas antes de la unión:
SELECT sum(prijs) as SumOfPrijs, sum(amount) as SumOfFees, sum(prijs)+sum(amount) AS
Total, year(vertrekdatum) as year
FROM tbl_vluchtgegevens vg LEFT JOIN
(select f.gegevenId, sum(amount) as Amount
from tbl_fees f
group by f.gegevenId
) f
ON f.gegevenID = vg.gegevenID
WHERE vertrekdatum <=NOW()
GROUP by year(vertrekdatum);
El problema es que las tarifas múltiples en "gegeven" están causando que la combinación produzca filas inesperadas que afectan la suma.