La diferencia está en el algoritmo que MySQL usa detrás de escena para encontrar sus datos. Las búsquedas de texto completo también le permiten ordenar según la relevancia. El LIKE la búsqueda en la mayoría de las condiciones realizará un escaneo completo de la tabla, por lo que, dependiendo de la cantidad de datos, podría ver problemas de rendimiento. El motor de texto completo también puede tener problemas de rendimiento cuando se trata de conjuntos de filas grandes.
En una nota diferente, una cosa que agregaría a este código es algo para escapar de los valores explotados. Quizás una llamada a mysql_real_escape_string()
