ERROR:HHH000299:No se pudo completar la actualización del esquema java.lang.NullPointerException

Parece que está mezclando incorrectamente dialectos y bases de datos de Hibernate. En su problema original, tiene una base de datos MySQL y un dialecto de org.hibernate.dialect.HSQLDialect (vea el primer bloque de código a continuación).

En su solución, tiene la base de datos MySQL y el dialecto correcto de org.hibernate.dialect.MySQL5Dialect (vea el segundo bloque de código a continuación).

Si hubiera cambiado la databasePlatform en el original para ser el dialecto de MySQL habría funcionado también.

Originales:

<bean id="entityManagerFactory" class="org.springframework.orm.jpa.LocalContainerEntityManagerFactoryBean">
  ...
  <property name="jpaVendorAdapter">
    <bean class="org.springframework.orm.jpa.vendor.HibernateJpaVendorAdapter">
      ...
      <property name="databasePlatform" value="org.hibernate.dialect.HSQLDialect"/>
    </bean>
  </property>
  ...
</bean>

Trabajando:

<persistence version="2.0" xmlns="http://java.sun.com/xml/ns/persistence"
  xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" 
  xsi:schemaLocation="http://java.sun.com/xml/ns/persistence http://java.sun.com/xml/ns/persistence/persistence_2_0.xsd">
  <persistence-unit name="WebAppPU" transaction-type="RESOURCE_LOCAL">
    ...
    <properties>
      ...
        <property name="hibernate.dialect" value="org.hibernate.dialect.MySQLDialect"/>      
      ...
    </properties>
  </persistence-unit>
</persistence>