Eliminar filas del servidor mysql de una lista de C# de ID

Probablemente usarías un IN cláusula en su DELETE :

DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (2, 3, 4, 5, ...)

Esto podría implementarse con String.Join método para generar la lista:

var query = "DELETE FROM `EmployeeTable` WHERE EmployeeID IN (" +
    String.Join(",", myArray) + ")";