La solución al final fue simple.
Exportar desde MySQL 5.5. (el archivo de exportación es de 114 GB)
Desinstale MySQL 5.5 (elimine todos los archivos de datos)
Instale MySQL 5.6
Importar datos
Exportar desde MySQL 5.6 (el archivo de exportación ahora ocupa 13 GB)
Desinstale MySQL 5.6 (elimine todos los archivos de datos)
Instale MySQL 5.6
Importar datos
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