El nivel de aislamiento predeterminado para MySQL es "REAPEATABLE READ", lo que significa que si no está utilizando la confirmación automática en su herramienta de consulta, no verá los datos confirmados de otras transacciones a menos que finalice su propia transacción emitiendo una COMMIT o ROLLBACK.
El hecho de que pueda ver los datos después de crear una nueva conexión también apunta en esa dirección.
Así que tienes dos opciones
- cambie el nivel de aislamiento de sus conexiones de "consulta" a "LECTURA COMPROMETIDA"
- emita un COMMIT (o ROLLBACK) en su herramienta de consulta antes de ejecutar SELECT
