¿Cómo pongo una 'cláusula if' en una cadena SQL?

Para su consulta específica, puede hacer:

UPDATE purchaseOrder
    SET purchaseOrder_status = 'COMPLETED'
    WHERE purchaseOrder_ID = '@purchaseOrder_ID' and
          not exists (SELECT *
                      FROM itemsOrdered WHERE purchaseOrder_ID = '@purchaseOrdered_ID' AND status = 'PENDING'
                     )

Sin embargo, podría suponer que estás haciendo un bucle a un nivel superior. Para establecer todos estos valores, intente esto:

UPDATE purchaseOrder
    SET purchaseOrder_status = 'COMPLETED'
    WHERE not exists (SELECT 1
                      FROM itemsOrdered
                      WHERE itemsOrdered.purchaseOrder_ID = purchaseOrder.purchaseOrdered_ID AND
                            status = 'PENDING'
                      limit 1
                     )