MySQL:Agrupar por y contar múltiples campos

select project_id, service_id, count(*) as count 
from tbl group by project_id, service_id
order by count(*) desc

Simplemente agregue service_id a tu group by y select lista. Eso debería bastar.

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Según el comentario de @Rajah parece que para su salida esperada, necesita usar

order by project_id asc, service_id asc