paginate()
el segundo parámetro del método acepta matriz de columnas de la tabla para seleccionar en la consulta. Así que esta parte:
paginate(30, array('news.title, category.name'));
debe ser así:
paginate(30, array('news.title', 'category.name'));
ACTUALIZAR (después de cambiar la pregunta)
Prueba esto:
->paginate(30, array('news.title', 'categories.name as category_name', 'users.name as user_name'));
ACTUALIZACIÓN 2 (después de cambiar la pregunta, nuevamente)
También puede usar alias en las tablas:
$data = News::order_by('news.id', 'desc')
->join('categories', 'news.category_id', '=', 'categories.id')
->join('users as u1', 'news.user_id', '=', 'u1.id') // ['created_by']
->join('users as u2', 'news.modified_by', '=', 'u2.id') // ['modified_by']
->paginate(30, array('news.title', 'categories.name as categories', 'u1.name as creater_username', 'u2.name as modifier_username'));