Asumiendo que cada id aparece en ambas tablas (idealmente solo una vez):
update tmpList inner join table1 using (id) inner join table2 using (id)
set table1.ts = tmpList.ts_value, table2.ts=tmpList.ts_value;
Actualización:el simple uso de uniones izquierdas en lugar de uniones internas hace que esto funcione incluso para identificaciones que solo están en una tabla:la cláusula de conjunto inaplicable parece omitirse; Debería haberlo intentado antes, aparentemente.