El siguiente comando funcionó para mí en Windows:
C:\Archivos de programa\MySQL\MySQL Server 5.5\bin>mysql_upgrade.exe -u root -p --force
Si la contraseña raíz no está configurada, es posible que deba hacer esto antes de ejecutar el comando anterior:
mysql> ESTABLECER CONTRASEÑA PARA 'root'@'localhost' =CONTRASEÑA('algo');