Supongo que estás usando InnoDB (Deberías de todos modos....)
Así que lea el siguiente capítulo de High performance MySQL 2ed, p.117:http://books.google.com.hk/books?id=BL0NNoFPuAQC&lpg=PA117&ots=COPMBsvA7V&dq=uuid%20innodb%20clustered% 20índice%20alto%20rendimiento%20mysql&pg=PA117#v=unapágina&q&f=falso
En general, UUID es una mala elección desde el punto de vista del rendimiento (debido al índice agrupado) y tienen un punto de referencia para demostrarlo.
