Lo intentaré, pero tenga en cuenta que vengo de un entorno de Microsoft SQL y no estoy familiarizado con la estructura exacta de sus tablas, por lo que parte del SQL probablemente sea un poco complicado.
IF (SELECT COUNT(*) FROM beta WHERE name = 'John' > 0)
UPDATE alfa SET c1=(SELECT id FROM beta WHERE name = 'John')
ELSE
BEGIN
INSERT INTO beta (name) VALUES ('John')
INSERT INTO alfa (c1) VALUES (LAST_INSERT_ID())
END
Espero que esto sea de alguna ayuda.