Veo dos posibles soluciones para su problema:
Omita el PUNTO DE ENTRADA para la imagen de MySQL
Encuentra el nombre de tu imagen ejecutando docker images luego ejecuta:
docker run -it --entrypoint="/bin/sh" OPTIONS image
Eso debería llevarlo a bash dentro del contenedor y desde allí puede ejecutar todos los comandos que desee para encontrar su my.cnf expediente. Aunque no sé si editar el archivo desde allí, guárdelo e intente ejecutarlo nuevamente funcionará. No lo intenté.
Elimine la imagen anterior y utilice la forma correcta de editar my.cnf archivo
Encuentra el nombre de tu imagen ejecutando:docker images y luego elimínelo ejecutando docker rmi <image_name>
Consulte los documentos para las imágenes MySQL predeterminadas en MySQL Dockerhub es bastante claro en esto y cito:
A partir de ahí y si creas el my.cnf en su host, entonces nunca más se encontrará con este problema, ya que puede editar el archivo tantas veces como desee.
