rotando el registro de consultas lentas de mysql

simplemente no puede usar logrotate para hacer eso, primero tendrá que cambiar el nombre del archivo en my.cnf y luego hacer lo que quiera hacer. Recargar mysql.

si desea la forma logrotate, deberá deshabilitar el registro de consultas lentas para ese momento.

Lo de logrotate fue sugerido por el equipo de percona y funciona para mí.

/var/mysql/slow_query.log {
    nocompress
    create 660 mysql mysql
    size 1G
    dateext
    missingok
    notifempty
    sharedscripts
    postrotate
       /usr/local/bin/mysql -e 'select @@global.long_query_time into @lqt_save; set global long_query_time=2000; select sleep(2); FLUSH LOGS; select sleep(2); set global [email protected]_save;'
    endscript
    rotate 150
}