Como han dicho otros, realmente deberías usar PDO. Pero, para responder a tu pregunta, mysql_num_rows es tu solución.
$query = mysql_query("SELECT * FROM products WHERE code='$line_of_data[0]' AND alert_quantity = '$line_of_data[1]'") or die(mysql_error());
if (mysql_num_rows($query))
// Data is already in database
else
// Data not in database
