Es normal dependiendo de las especificaciones de su servidor. La forma en que MySQL crea índices es por tabla y luego ordenando y agregando los índices. Esto significa que necesita volver a escribir todos los datos y luego ordenar todos los datos (no es barato de ninguna manera). Depende del rendimiento de E/S de su servidor y de la cantidad de RAM que pueda darle.
Aquí hay algunos recursos para obtener más información...
- Un informe de errores de MySQL
- Otro informe de errores de MySQL:con una buena sugerencia
- Un hilo de foro con algo de información útil
