Agregar runtime "mysql:mysql-connector-java:5.1.37" a sus dependencias (justo debajo de runtime "org.grails.plugins:asset-pipeline" ). Luego compílalo. Eso debería funcionar.
En mi proyecto de Grails 3 no tengo un classpath para el conector, así que creo que es seguro eliminarlo allí.
Además, no olvide agregar estas líneas a su archivo application.yml en su fuente de datos:
driverClassName: com.mysql.jdbc.Driver
dialect: org.hibernate.dialect.MySQL5InnoDBDialect
