mysql_connection.h incluye #include <boost/shared_ptr.hpp> , puede usar las últimas versiones de boost o modificar las líneas debajo de mysql_connection.h para usar std::shared_ptr en su lugar:
actualizar
#include <boost/shared_ptr.hpp>
boost::shared_ptr< NativeAPI::NativeConnectionWrapper > proxy;
a
#include <memory>
std::shared_ptr< NativeAPI::NativeConnectionWrapper > proxy;