Para resolver este error, puse esto en mi App.config:"codeConfigurationType"
<entityFramework codeConfigurationType="MySql.Data.Entity.MySqlEFConfiguration, MySql.Data.Entity.EF6">
¿Por qué? Es posible que las configuraciones no encuentren la ubicación de MySqlEFConfiguration.
Estoy usando aquí solo Mysql , No sé si esto funciona en SQLServer y Mysql juntos.
Para su problema, este enlace puede ser útil:Link
Y puede tener 2 archivos de configuración.cs separados. Uno para MySql y otros para MSSQL
