Es más un problema funcional u organizativo que técnico. Ninguna herramienta adivinará automáticamente cómo migrar datos de un esquema a otro. Será mejor que aprenda a escribir un procedimiento almacenado para migrar sus datos.
Probablemente necesitará deshabilitar las restricciones, crear tablas y columnas temporales, copiar muchos datos y luego eliminar las tablas y columnas temporales y volver a habilitar las restricciones para migrar sus datos.
Una vez en modo de mantenimiento, cada característica nueva que modifique el esquema también debe venir con el script que permita migrar del esquema actual y los datos en producción al nuevo.
