Número de secuencia generado automáticamente a partir de 001 (SOLO PARA 3 DÍGITOS) - PHP / MYSQL

Simplemente agregue la longitud 3 y zerofill a su columna de identificación.

ALTER TABLE  `YOUR_TABLE` CHANGE  
`id_column`  `id_column` INT( 3 ) UNSIGNED ZEROFILL NOT NULL AUTO_INCREMENT